主要职能：
（一）贯彻执行党和国家科技发展方针、政策、法规；研究全省科技发展战略和科技促进经济与社会发展的重大问题；研究确定全省科技发展的重大布局、优先领域；推动全省科技创新体系建设，提高全省科技创新能力。
（二）组织编制全省科学技术发展的中长期规划和年度计划。
（三）研究提出全省科技体制改革的政策措施；推动建立适应社会主义市场经济和科技自身发展规律的科技创新体制和科技创新机制；指导全省科技体制改革工作。
（四）研究多渠道增加科技投主的措施；优化全省科技资源的配置；负责归口管理科学事业费、科技"三项费"和科技外事经费等有关费用的预、决费。
（五）研究制定加强基础性研究、高新技术发展的政策措施；负责重大基础研究计划、高技术研究发展计划、科技攻关计划、科技创新工程和社会发展科技计划的制定与组织实施。（六）强化高新技术产业化及应用技术的开发与推广工作；指导科技成果转化；管理省级高新技术重点新产品工作；负责火炬计划、星火计划、成果推广计划等科技开发计划的制定并组织实施；参与管理全省的国家级、省级高新技术产业开发区；负责认定省级高新技术企业；负责促进高新技术出口及相关政策的制定。
（七）负责指导和管理全省重点实验室、中试基地、工程技术研究中心等科技基地的建设工作。
（八）研究全省科技人才资源的合理配置，提出充分发挥科技人员积极性、创造科技人才成长良好环境的相关政策。
（九）贯彻执行国家对外科技合作与交流的方针、政策；管理全省科技外事工作；组织制定全省国际科技交流全作计划并指导实施；负责全省科技考察、国际学术会议、科技展览、科技合作与交流出国团组及外国人来华科技记问的审核；负责与香港、澳门特别行政区及台湾地区的科技合作与交流工作。
（十）研究提出制定地方科技法规的建议；归口管理全省科技成果、科技奖励、科技保密、技术市场及科技相关的知识产权保护等工作；制定全省科学技术普及工作规划，实行政策引导，推动科普工作发展；促进科技咨询、招标、评估等社会中介组织的发展，推动全省科技服务体系的建立。
（十一）综合管理全省民营科技企业和民办科研机构。
（十二）负责科技信息、科技统计和科技期刊管理工作；审核科研机构的组建和调整。
（十三）指导协调省直各部门和各市（地）的科技管理工作。
（十四）归口管理创建全国科教兴市、全国科技工作先进县（市、区）、全国科技工作先进城区工作
（十五）管理各类省级科技基金。
（十六）负责全省推选中国科学院院士和中国工程院院士的工作。
（十七）负责全省推进北药科技开发工作和承担黑龙江省科技风险投资指导委员会的日常工作。
（十八）承办省政府交办的其他事项。